ESXi ホストのアップグレード
上記公式ドキュメントに大体まとまっていますが、
基本的にどちらも含まれるパッチは同じですが、ISOファイルはCD/DVDに焼いたりBootable USBするなどで直接インストーラとしてDCUIを利用した対話的インストール（アップデート）にも利用できます。
ZIPの方はESXi Offline Bundle や Depotとも呼ばれていますが、
ESXCLIでのパッチ適用やvCenter Update Managerへの追加などで利用可能な他、
PowerCLIのImage Builder機能を利用して、特定のドライバを含むZIPファイル、ISOファイルを作成するのにも利用可能です。
vSphere ESXi Image Builder CLI の使用
vCenter Update Managerを使う場合はどちらでも利用可能ですが、一般的にはZIPファイルの方を利用することが多いかと思います。
また、初期インストール時に各メーカーのカスタムISOイメージでインストールしている場合は、同じメーカーのカスタムイメージの新しいバージョンのISO、ZIPがリリースされていると思うので、それを利用した方が適切なドライバなどが含まれているので、適用後のトラブルは少ないはずです。
ご参考まで。
