Buongiorno a tutti,
ho risolto in parte il mio problema, quindi posto la mia soluzione e in una nuova discussione il rimanente da fare.
Partiamo dallo scenario che è fondamentale per non creare interpretazioni sbagliate in chi cerca, come me, disperatamente una soluzione ai suoi problemi con VMWare.
Ho questo server con queste caratteristiche:
- scheda madre asus Z9PE-D16;
- controller RAID Asus Pike
- due HD sata gestiti dal controller in RAID Mirror.
Su questo ho installato ESXi 5.5 sul virtual disk che mi offre il controller.
Si rompe la scheda Madre!!! 
Mi sbatto in rete a cercare una soluzione e mettendo insieme i pezzi procedo in questo modo.
Mi sono installato una Ubuntu Xenial Xeros (scelta perchè avevo il DVD sotto il naso e perché era già un po che volevo giocarci, io però sono un Debian da sempre e c'è differenza).
Quindi abilito tutte le fonti di pacchetti e mi installo i vmfs-tools
sudo apt-get update
sudo apt-get install vmfs-tools
Quindi mi creo una cartella in opt per le operazioni di mount
sudo mkdir /opt/OPVM
Ora, visto che la natura del guasto pare non abbia distrutto i dischi prendo il primo HD e lo collego esternamente al computer con Ubuntu; al collegamento mi carica 4 partizioni che contengono il sistema operativo VMWare.
Quindi devo determinare il dispositivo e per questo lancio
sudo cat /etc/mtab
e trovo che il disco è /dev/sdd, ora vado a scoprire come è composto il disco e lancio
sudo cfdisk /dev/sdd
Scorro le partizioni e quella più grande è il mio obbiettivo, infatti cfdisk mi dice che è la /dev/sdd3 è di tipo sconosciuto e il filesystem è VMFS_volume_member.
Quindi ora con un il comando
sudo vmfs-fuse /dev/sdd3 /opt/OPVM
mi trovo la partizione montata e accessibile.
Quindi, nel mio caso specifico, non ho fatto altro che copiare su disco esterno le varie directory delle VM e con VMWare Convert le ho infilate su una nuova installazione di ESXi 6.0 su un nuovo e fiammante server.
Fino a qui tutto OK, ma la Legge di Murphy e sempre in agguato...
Se avete voglia di aiutarmi leggete la discussione "cp errore input/ output nel copiare il file vmachine-flat.vmdk".
Grazie a tutti.
DG