ご回答ありがとうございます。
ブラウザのポップアップ設定などいじっても、どうしてもflat.vmdkではなく、500KBしかないvmdkファイルの方をダウンロードしようとしてしまいますね。
またその瞬間、画面が切り替わって真っ白になってしまうので、いちいち戻るボタンでWeb Clientに戻らなくてはいけないという面倒付きです。
なので仕方なく直接ダウンロードしていたんですが、バックアップ方法としてはよろしくないんですね。
OVF/OVA フォーマットへエクスポートしたものを、シンで取り込んで素直に拡張してシックに戻す方が結局一番早道のようです。
シックに戻すときの時間を考えたら、そのままのファイルをアップロードした方が早いかもと思っておりましたが、結局あまり時間が変わらないうえ、こんなトラブルに巻き込まれてしまうくらいなら素直に正攻法で行くべきでした。
いろいろ教えてくださりありがとうございました。