Se puoi permetterti di spegnere la VM sorgente e poter fare un copia/incolla, fai una prova con FastSCP di Veeam, è incredibilmente veloce e copia la VM a livello dei vmdk, temo che come sospetti tu, il Converter stia controllando il contenuto delle partizioni.
Hai chiesto durante la conversione per caso di modificare le dimensioni dei dischi originali? perchè in questo caso la copia passa da disk-based a file-based e diventa effettivamente lentissima...
Ciao,
Luca.