Ciao Stefano, ti rispondo per punti:
Usb: ESXi ha la funzione di usb passthrough, puoi usare le porte usb presenti sul server fisico, connetterci degli apparati e presentarli alle VM ospitate. Questa tecnologia è anche in grado di supportare vMotion. Non ho mai provato con un così elevato numero di periferiche, una possibile alternativa sono i device come i Digi Anywhere USB, praticamente degli hub usb che si collegano via ethernet e presentano poi le porte usb alle virtual machine tramite dei driver da installare in XP
Server custom: fai ricerche in internet col termine "whitebox", si trovano numerose soluzioni. Ne ho pubblicata una anche sul mio blog che trovi in firma. Ricorda sempre che questi sistemi, sebbene siano in grado di eseguire ESXi, sono totalmente NON supportati da VMware, che accetta solo sistemi presenti nella loro HCL (in soldoni, vanno ma se qualcosa va storto ti devi arrangiare). Valuta bene se far correre al cliente/utilizzatore questo rischio. Ciao, Luca.