Ciao,
se ho ben capito hai assegnato spazio disco ad un windows server virtuale ma non l'hai allocato effettivamente a livello di sistema gues os.
In questo caso la soluzione più semplice è quella da te descritta ovvero spostare i dati ad un nuovo disco della dimensione corretta, oppure una procedura che potresti usare è tramite il vCenter Converter:
http://www.vmwarearena.com/shrink-vmdk-using-vmware-converter/