Ciao
Potrebbe esserte utile questo comando
esxcli storage core device detached remove -d <identificativo del volume da rimuovere>
identificativo del volume e' naa.xxxxxxxxxxxx
Qui alcuni link dove se ne parla
How to remove unmounted/inaccessible datastore from ESXi Host (tomaskalabis.com)
Detach a Device and Remove a LUN (vmware.com)
Ovviamente ti consiglio di avere un backup delle VM per scrupolo 