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▼ 回答1 :
vCenter 6.5 のバックアップであれば、スナップショットと合わせて、ファイルベースでのバックアップも取得しておく事を推奨します。
いざとなれば新規の vCSA をデプロイしなしてバックアップファイルからの戻しも可能です。
vCenter Server Appliance のファイルベースのバックアップとリストア
ESXi のコンフィグバックアップもご認識の通り、KB<ESXi ホストの構成のバックアップ方法 (2042141)> の手順で実施します。
※ ESXi はブート領域に直近の2つのバージョンを持つので、再インストール + コンフィグ戻し をしなくてもロークバックする事もできます<アップグレードに失敗した後、前のバージョンの ESXi に戻る (1033604)>のでバックアップと合わせておさえておいてください。
▼ 回答2
問題はないかと思います。
諸々の作業確認点などは以下のドキュメントも参照ください。
vCSA に組み込まれた Update Manager 等を利用すれば、メンテナンスモード・パッチ適用などを自動化する事もできます( DRS 有効であれば VM の移行も自動化可能) 。
▼ 回答3
HAから外す = クラスタからホストを外す、の意味であれば不要です。
FC SAN については <vSphere のアップグレードの概要> に不穏な記載で「ホストに SAN が接続されている場合は、アップグレードを続行する前にファイバ チャネル システムを外してください。BIOS では HBA カードを無効にしないでください。」とありますが、
正しく仮想マシンを退避してメンテナンスモードに入っていればデータストアに不要な IO は発生しないので今のバージョンではこの辺りは実施する必要ありません。
たまに英語版Forumでも質問があります vSphere 6.0 U2 Update with FC SAN
その他、
サーバーハードウェアメーカーが提供しているカスタム ISO イメージで導入している場合は、同じくカスタムのバージョンアップ用の ZIP もメーカーが用意していると思います。
アップデート作業を vSphere Update Manager で行う場合含めて、カスタム ISO・ZIP を利用してアップデートする事で簡単・確実に作業もできます。
ご参考まで、、、