Il converter di VMware è in grado di clonare macchine linux direttamente dalla versione installata, senza necessità di boot cd.

Altre alternative sono il clone via ssh, oppure usare tool come clonezilla/ghost/trueimage o simili, e usare la VM di destinazione al pari di un nuovo server fisico: lo avvii con la iso del tool di clonazione, e fai un restore della copia che hai fatto del server fisico.

Ciao,

Luca.