Ciao,

se ho ben capito hai assegnato spazio disco ad un windows server virtuale ma non l'hai allocato effettivamente a livello di sistema gues os.

In questo caso la soluzione più semplice è quella da te descritta ovvero spostare i dati ad un nuovo disco della dimensione corretta, oppure una procedura che potresti usare è tramite il vCenter Converter:

http://www.vmwarearena.com/shrink-vmdk-using-vmware-converter/