Sea con o sin VMware, si haces la copia de la LUN a nivel de SAN, ésta no será consistente por no ser "application-aware", o si lo prefieres "VM-aware / SO-aware" (a no ser que tengas un mecanismo que solvente esto por parte del fabricante SAN).
Para hacer backups de VMFS con casi cualquier software de Backup, VMware pone a tu disposición VCB. Consiste en un servidor (Proxy VCB) al que muestras directamente la LUN original VMFS (se puede hacer en modo lectura), y que realiza snapshots de las VMs que contiene, para que el software de backup de tu elección haga los respaldos de las VMs excluyendo los deltas. Seguirá sin ser realmente "application-aware", pero serán backups más consistentes que una copia directa de una LUN que contiene VMs.
Los scripts de HP Data Protector para integración con VCB los tienes aquí:
Es una solución, pero sinceramente a mí nunca me ha gustado VCB, por afectar al I/O de otras máquinas virtuales en una LUN productiva, es decir, por las limitaciones de backups concurrentes; de hecho, en VCB 1.0 no era recomendable respaldar más de 4-6 VMs a la vez por LUN (dicho por Mike Laverick en un manual suyo... aunque desconozco si la última versión ha mejorado en este aspecto). En mi opinión, hay que apuntar a soluciones de backup con ventajas específicas para entornos VMware.
Salu2
P.D.: Creo que también puedes hacer la copia de la LUN primero, como propones (y asumiendo la pérdida de consistencia), y mostrar al servidor ProxyVCB la copia de la LUN, para que te interprete VMFS y poder llevarlo al Dataprotector.