Hola eusebio,
Primero de todo bienvenido al mundo virtual 
, seguro que no te aburrirás.
Acerca de la herramienta de VirtualCenter es una herramienta muy util y te permite hacer cosas muy interesantes. Si lo que has comprado es únicamente la licencia para un solo servidor ESX, no te es necesario instalar VirtualCenter, aunque pierdes unas pocas funcionalidades. Te recomiendo que te mires la documentación online que hay del producto
De las isos que comentas, la ultima versión de esx es la 3.5 (esta es la que deberías instalar). La version 3i, es la misma que la embebida pero para instalar. Y con respecto al Consolidated Backup, es el software de copias que proporciona vmware. Se ha de instalar en un servidor windows y ha de estar donde esté el software de copias. También héchale un vistacillo por la documentación. En resumen, instala la versión de la iso 3.5 y a divertirte. Una vez instalado podrás descargarte el cliente VI3 desde la web del servidor atacando al puerto 80 a la IP que le has configurado. Para un solo servidor ESX, no es indispensable tener VirtualCenter pero para más, ya empieza a ser muy necesaria. Sobretodo si pretendres tener HA.
Para poder ver discos en los esx, has de formatearlos en el formato vmfs3 (propio de vmware). Revisa que la cabina esté certificada. Te recomiendo que todo el hardware que tengas esté certificado porvmware, más que nada para evitar problemas. De todas formas, en el apartado de configuración del servidor esx (en la opcion de storage adapters), verás la hba adecuada para la eva3000, si es que la ha detectado. Si no has añadido ninguna LUN adicional, prueba a agregar un nuevo "storage" en la opciones de configuración del servidor.
Aquí podrás encontrar todos los links con la documentación y el hardware compatible (es muy recomendable hecharle un ojo): http://www.vmware.com/support/pubs/vi_pages/vi_pubs_35.html
Me parece que te he acabado liando más todavia, jeje
Un saludo
