Jeżeli masz zainstalowane VMware Tools w VM to stwórz skrypt który bedzie gasić Twoje VM i podaj jego ściezkę w shutdown script.
Maszynki możesz gasić z CLI za pomocą tych komend:
vim-cmd vmsvc/getallvms - pobierasz ID potrzebne do identyfikacji VM
vim-cmd vmsvc/power.shutdown vmid - w odróżnieniu do power.off power.shutdown będzie próbował delikatnie zgasić VM.
Poza tym, możesz ustawić zachowanie ESX'a podczas zamykania - co on ma uczynić z VM w momęcie kiedy ma się wyłączyć. Może to również rozwiąże Twój problem. Ustawisz domyślnie, aby maszyny wirtualne wyłaczały się graceful... IPP będzie chamsko gasić ESX'a a on już zadba żeby ładnie zgasić VM. Ustawienie te jest tutaj:
ESX Host -> Virtual Machine Startup/Shutdown -> Properties, nastęnie wybierz maszyny cię interesujące i kliknij Edit i ustaw co tam chcesz 
Wydaje mi się że powinno być ok. Jak nie zadziała to możesz spróbować stworzyć skrypt wzorując się na czymś takim:
#!/bin/ashfor VMID in $(vim-cmd vmsvc/getallvms | grep -v Vmid | awk '{print $1}');dovim-cmd vmsvc/power.shutdown $VMIDdoneTen skrypt zrobiłem ultra na szybko, wiec możesz go trochę odpimpować
Daj znać jak poszło.
A możesz przesłać logi z któregoś z ESXów? Chiałbym zobaczyć kroko po kroku co się działo podczas wyłaczania.
Tak wiec potrzebowalibyśmy /var/log/vmware/hostd.log, oraz /var/log/messages. Możesz je wyeksportować za pomocą vCenter. Do logów dostajesz się klikając w pasku nawigacji na Home -> System Logs i potem masz ikonę dyskietki w lewym górnym rogu z opisem Export System Logs.
logi - oczywisce z momentu zamykania.
Ksyrpu na razie nie ruszalem bo mam urwanie glowy z innymi sprawami 
Z tym ze poczytalem sobie troche na temat konkurecnji czyli APC i oni tez wspieraja ESXi (czyli np 5 do ktorej upgrade i tak mnie czeka) tylko za pomoca vMA. Stad pytanie czy to nie jedyna i sluszna droga?