ご確認ありがとうございます。
仕組み上、でインストール後は 60 日間の評価ライセンスが適用されているため " 評価ライセンスを一旦設定せず " という事は出来ないのですが、
何等かの上位エディションの機能が一部分で有効になってしまっているのかもしれません。
例えば、以下の画像では VMkernel ポートの設定で「vMotion」にチェックが入っていますが、このチェックが入っていると Essential Kit では vMotion がサポートされないためにライセンスが適用できない、といった事象に遭遇します。
ライセンスの適用順序としては、vCenter に適用 → ESXi に適用で問題ないのですが、
ESXi を初期インストールし vCenter に登録直後の方が機能制限に掛かる設定が入っていないのでライセンスの適用タイミングとしては無難です。
初期設定時に何等か有効化した設定などがある場合は設定箇所をチェックしていく事が近道ですが、
場合によってはご契約いただいているサポート窓口に問い合わせていただく事が確実かもしれません。