こんにちは。
ESXi で複数のネットワーク セグメント（セグメントAとB）を受けるとして、技術的に可能でもその環境ではその方式が採用できないこともあると思います。
まずはサーバを移行する環境で、物理スイッチとESXiの仮想スイッチの現状構成を確認して、
そして物理スイッチ側をどのように構成できるか検討（または構成変更するつもりなのか確認）するとよいかもしれません。
（その上で、ESXiの仮想スイッチをどうするか検討）
たとえば・・・
例1)
物理スイッチのポートごとに別のセグメントを通すのであれば、そもそもESXiでも物理NICポートごとに受けるセグメントが別になるので、この場合はESXi側でのVLAN設定は不要になります。
たとえば、物理NICごと（つまりセグメントごと）に仮想スイッチとポートグループ（VLAN設定なしのもの）を作成することで、複数セグメントを受けられます。ただしESXiでは多くの物理NICポートが必要になります。
例2)
物理スイッチの1つのポートで複数のVLANを通す構成（トランクポート）にするのであれば、ESXiの仮想スイッチ側でもVLAN設定が必要になります。
・1つのポートグループで1つのVLAN番号というイメージで正しいでしょうか？
この例2の場合は、セグメントAのポートグループと、セグメントBのポートグループを作成して、ポートグループごとに1つのVLAN IDを設定することになります。
そして、ESXiと共有ストレージ（iSCSIやNFS）を接続するネットワークは、VMが通信するネットワークの分離とは別の考え方が必要になります。
結局は検討が必要になるものの複雑になるので、まずはVMが通信するネットワーク（セグメントAとBにあたる部分）について整理検討するのがおすすめかなと思います。
