こんにちは。
Viewはあまり詳しくなく、製品ドキュメント/参考資料ベースで見てみましたが、
利用者ごとに認証方法を使い分ける場合は、View Connection Server （View 接続サーバ） をそれぞれに用意する必要があるようです。
ドキュメントでは、下記に記載がありました。
Using Two-Factor Authentication
View 接続サーバ インスタンスが複数ある場合は、一部のインスタンスで 2 要素認証を構成し、他のインスタンスでは別のユーザー認証方法を構成することができます。たとえば、インターネットを介してリモートで View デスクトップにアクセスするユーザーのみに 2 要素認証を構成できます。
下記のVMware Japan End-User Computing Blogにも、
AD/2要素認証をわける例が構成図つきで解説されているので参考にしてみてください。
RSA SecurID との連携による Horizon 6 の二要素認証 Part 2 - VMware Japan End-User Computing Blog - VMware Blogs
以上です。
