Alexanders,
Nesse caso o mais fácil é, desligar as Máquinas virtuais, desligar o Servidor onde o VMware está instalado, desconectar as fibras da placa.
Instale o ESX, e só depois que concluir a instalação do ESX, re-conecte as fibras, e de um reboot no esx, seus datastore estarão lá com todos os dados (Se necessário add na mão através do add storage, ou apenas faça o rescan), ai é só dar um browse datastore e clicar no vmx. 😆 add to inventory.
a outra opção é:
desliga as VMs, desliga o Servidor Físico, e você pode remover o mapeamento das LUNs dentro do storage, porém mantenha as LUNs do jeito que estão.
Abcs
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