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Hiroa777さん
こんにちわ（こんばんわ）！
パッケージ済のアプリケーションのバージョンアップは、
大きく分類しますが、「出来るもの」、「出来ないもの」があります。
「出来ないもの」には、めちゃくちゃ頑張れば出来るかもしれないけど、
現実的に、それは出来ないね、となってしまうものも含みます。
ThinAppで作成したパッケージには、アプリケーションが入ってますが、
もう少し厳密に表現すると、パッケージ（Primary Data Container）には、
ホストOSのファイルシステムやレジストリから切り離された、
「仮想レジストリ」と「仮想ファイルシステム」が入っていることは理解されています？
イメージとしては、以下のような感じ。
パッケージは、ホストOSのファイルシステム上は、単なるexeファイルでしかないので、
パッケージ内のファイルやレジストリを変更（更新）したければ、
ThinAppの空間内（ThinAppVOS上）で、変更する操作を行う必要があります。
ThinApp空間で、Regeditを動作させれば、仮想レジストリの変更ができますし、
cmdを動作させて、ファイルのコピーや削除もできます。（下図を参照）
ですので、昔のよくあるクラサバ型システムのクライアント側のプログラムには、
ファイルのタイムスタンプを見て、新しいDLLやexeファイルが特定のファイルサーバにあれば更新する、
というような、独自のupdate.exeのようなものが動作していることがありますが、
この仕組みは、ThinAppでパッケージしても、従来通り、動作します。
（更新内容は、Sandboxに迂回され、パッケージのexeはそのまま）
で、ご質問のMicrosoft Officeの更新ですが、
Officeには、従来のMSIインストール版とクイック実行版の2種類があるのはご存知ですか？
ThinAppで仮想化できるのは、前者のMSIインストール版になりますが、
MSIインストール版は、ThinApp VOS上で実行したくても、実行するのは、
Windowsインストーラサービス（msiexec）で、ホストOS側にいるプログラムになるので、
ThinApp空間内で正常動作させることは出来ません（あるいは難易度SSランク）
回りくどくなってしまいましたが、
Office製品のバージョンアップについては、インストールプロセスが複雑なので、
個人的には、一から作り直すことをお勧め致します。
vmware thinapp
Regards,
Kzmaybe