こんにちは。
VMware Toolsが起動中でもvCenter / ESXiからうまく状態認識されないというのは、
vCenter / ESXi / VMware Tools / ゲストOS、と多層で原因になりそうな部分があり、
一概に既知のものか判断することは難しいかなと考えられます。
ただ、私の経験上も環境/バージョンを問わずたびたび発生している印象があり、
そう珍しいことではない気もします・・・
(そしてサービス再起動で復旧できたりします。)
ちなみに、RHEL(Red Hat Enterprise Linux)のようなLinuxディストリビューションで提供される
VMware Tools(open-vm-tools)を利用している場合などに
vCenterから見ると一律で「2147483647」とバージョン表示されることがあります。
詳細に調査される場合は、ゲストOSでの「vmware-toolbox-cmd -v」コマンドなどで
実際のVMware Toolsのバージョンを確認しておくとよいと思います。
以上です。ご参考まで。