VI API経由では、データストアブラウザで行うような、VMFS上のファイル操作はできないと間違った情報をいろんなところで流してしまった。HostDatastoreBrowserを使うと、lsやrm相当の操作くらいはできるらしい。
HostDatastoreBrowser
http://pubs.vmware.com/vi-sdk/visdk250/ReferenceGuide/vim.host.DatastoreBrowser.html
そして、求めていたスクリプトを発見。インベントリに存在せずファイルとしてただ放置された状態の仮想マシンのリストを作成するVI PowerShellスクリプト。
Find Orphaned VMDK's
必見。